Eine dem Grunde oder der Höhe nach unrichtig beantragte Forschungsprämie kann für den Steuerpflichtigen auch finanzstrafrechtliche Konsequenzen nach sich ziehen. Um dieser Gefahr entgegenzuwirken, ist es erforderlich, bei Beantragung der Forschungsprämie entsprechend sorgfältig und gewissenhaft vorzugehen. Sollte dennoch „etwas passiert sein“, kann dies in vielen Fällen durch eine strafbefreiende Selbstanzeige für die betroffenen Personen saniert werden.
