Der Umstand, dass oftmals gegensätzliche Standpunkte zwischen dem Steuerpflichtigen, der Außenprüfung und der FFG (in ihrer Funktion als Gutachterin) bestehen, führt in der Praxis immer wieder zu langwierigen Außenprüfungen. Nicht selten enden diese Außenprüfungen mit einer teilweisen, aber oft auch vollständigen Rückzahlung der Forschungsprämie.632 Eine dem Grunde oder der Höhe nach zu Unrecht beantragte Forschungsprämie kann auch finanzstrafrechtliche Konsequenzen für den Steuerpflichtigen, die für den Steuerpflichtigen handelnden Personen und andere am Finanzvergehen beteiligte Personen bzw Verbände nach sich ziehen.633

