Im Rahmen der Drittmittelforschung spielt die Vertragsgestaltung bei allen möglichen Varianten an Forschungskooperationen eine bedeutende Rolle, ist der Vertrag doch die maßgebliche rechtliche Grundlage in Haftungs- und Honorarfragen und bei konkurrierenden Rechtsansprüchen. Die Komplexität der vertragsrechtlichen Materie wird zunehmend dadurch bedingt, dass es zahlreiche unterschiedliche Formen der Zusammenarbeit zwischen Industrie, Ärzten, Universitäten und sonstigen medizinischen Einrichtungen gibt: Dazu zählen Verträge über klinische Prüfungen und Anwendungsbeobachtungen, Forschungs- und Entwicklungsverträge, Beraterverträge, Sponsor-/Werbeverträge, Referentenverträge, Autorenverträge, Hospitationsverträge und Mischverträge. Im Rahmen der Vertragsgestaltung sind zentrale rechtliche Themen aus unterschiedlichsten Rechtsgebieten wie dem Patent-, Urheber-, Kartell-, Datenschutz-, ärztlichen Berufs-, Steuer-, Sozial- und Strafrecht380 zu berücksichtigen. Weiters ist auf gebührenrechtliche Aspekte und einzelne materiellrechtliche Bestimmungen in Hinblick auf das jeweilige Forschungsgebiet (AMG, MPG etc) Bedacht zu nehmen. Gerade im Zusammenhang mit Forschungskooperationen an Universitäten sind mitunter organisations- und dienstrechtliche Aspekte in die vertragliche Gestaltung einzubeziehen, dies im Besonderen im Zuge der vertraglichen Übertragung von Verwertungsrechten an einer Erfindung. Die unzureichende Berücksichtigung organisations- und dienstrechtlicher Regulierungen kann die Anfechtbarkeit oder sogar Nichtigkeit des Vertragswerkes nach sich ziehen.
