In der Praxis bereitete das Merkmal der wirtschaftlichen Eingliederung in vielen Fällen Probleme; bei Holdinggesellschaften als Organträger konnte die Voraussetzung in vielen Fällen nicht hergestellt werden. Auch das Merkmal der organisatorischen Eingliederung, das vielfach unerwünschte Doppelorganfunktionen nach sich gezogen hatte, erschwerte die Errichtung von Organschaften. Darüber hinaus war der Abschluss eines Ergebnisabführungsvertrages auch mit sehr weitreichenden unternehmensrechtlichen Konsequenzen verbunden, die in vielen Fällen wirtschaftlich unvorteilhaft waren. Die Einschränkung von Organschaften auf inländische (unbeschränkt steuerpflichtige) Gesellschaften wurde als gemeinschaftsrechtlich problematisch erachtet.57)
