Einige wenige Problembereiche des HeimAufG blieben seit dessen Inkrafttreten (1. 7. 2005) bis heute ungeklärt und werden daher in der Praxis unterschiedlich vollzogen. Zu diesen offenen Fragen gehören etwa: Was ist eine Anordnung im Sinne des § 5 Abs 1 HeimAufG (Rechtscharakter der Anordnung von Freiheitsbeschränkungen)? Wird zwischen dem anordnenden Arzt und dem Einrichtungsträger ein zivilrechtliches Verhältnis begründet, gegebenenfalls welches (Werkvertrag oder Geschäftsführung ohne Auftrag)? Wer ist zur Honorierung der ärztlichen Leistung verpflichtet? Wie hoch ist das dem Arzt zu entrichtende Entgelt? Die tägliche Arbeit in den dem HeimAufG unterliegenden Einrichtungen wurde dadurch jahrelang erschwert und die Zusammenarbeit auf eine harte Probe gestellt.
