Im Zuge der Auflösung der Finanzlandesdirektionen und der Einrichtung einer Steuer- und Zollkoordination mit 1. 5. 2004 wurde auch die fachliche Mittelebene zwischen BMF und Finanzämtern neu geregelt (§ 2 AVOG iVm VO BGBl 2004/168). Aufgabe des bundesweiten Fachbereiches ist primär die Sicherstellung einer bundeseinheitlichen Rechtsanwendung und Rechtsauslegung sowie die fachliche Unterstützung der Finanzämter. Weitere Aufgaben sind die Qualitätssicherung und das Wissensmanagement. Der bundesweite Fachbereich gliedert sich in 7 Fachbereiche (Einkommen- und Körperschaftsteuer; Umsatzsteuer; Lohnsteuer; Finanzstraf-, Verfahrens- und Exekutionsrecht; Gebühren- und Verkehrssteuern, Bewertung; Zoll- und Verbrauchsteuern; Internationales Steuerrecht).