Im Vergleich zur polizeilichen Kooperation hat eine Institutionalisierung der justiziellen Zusammenarbeit auf europäischer Ebene erst spät stattgefunden.213 Die nationalen Justizbehörden waren ursprünglich auf diplomatischen Umgang beschränkt und konnten keinen direkten Kontakt miteinander aufnehmen.214 Dieser Umstand ist Großteils darauf zurückzuführen, dass Eingriffe in die staatliche Souveränität im Bereich der Justiz als noch gravierender empfunden werden, als eine polizeiliche Kooperation auf Verwaltungsebene. Nun wird im traditionellen innerstaatlichen Ermittlungsverfahren aber meist die Polizei in Zusammenarbeit mit Justizorganen tätig. Vielfach kommt der Staatsanwaltschaft - wie auch in Österreich - die Leitungsbefugnis im Ermittlungsverfahren zu. Weiters müssen einige Ermittlungsmaßnahmen vor deren Durchführung gerichtlich bewilligt werden. Eine sinnvolle strafrechtliche Ermittlung, der eine erfolgversprechende Anklage folgen kann, ist daher nur unter Beiziehung dieser Justizorgane möglich.
