Mit 1. 5. 2004 kommt es durch das In-Kraft-Treten der AVOG-Novelle zu der notwendig gewordenen Neustrukturierung der Finanzlandesdirektionen. In einem ersten Schritt der Reform wurden bereits der UFS ausgegliedert, die 80 Finanzämter zu 42 Organisationseinheiten zusammengefasst und die internen Abläufe sukzessive neu gestaltet. Mit 1. 5. 2004 werden nun einerseits die 62 Zollämter zu 15 Organisationseinheiten zusammengeführt, und andererseits die 7 Finanzlandesdirektionen in eine “Steuer- und Zollkoordination" zusammengeführt. Diese übernimmt in 5 Regionen die Steuerung und Unterstützung der einzelnen Finanz- und Zollämter sowie der Großbetriebsprüfungen. Das bedeutet eine stärkere Dezentralisierung und eine höhere Autonomie für die Finanzämter, Zollämter und Großbetriebsprüfungen. So sind diese in Zukunft selbst für die finanzielle Gebarung bzw die jeweiligen Personalagenden zuständig. Bisher lagen diese Entscheidungsbefugnisse bei den Finanzlandesdirektionen.
