Sind im steuerpflichtigen Betriebsgewinn auch Substanzgewinne (vor allem Gewinne aus Grundstücksveräußerungen) enthalten, gelten auch diese Gewinne unabhängig von einer Regelbesteuerungsoption als Bemessungsgrundlage für den Gewinnfreibetrag.
Wird keine Regelbesteuerungsoption geltend gemacht, muss bei solchen mit 25 % besteuerten Substanzgewinnen eine Zuordnung des Gewinnfreibetrages vorgenommen werden.

