Die Abgabenbehörde kann die Schätzungsmethode grundsätzlich frei wählen (VwGH 27.4.1994, 92/13/0011, 94/13/0094; VwGH 15.5.1997, 95/15/0093; VwGH 22.4.1998, 95/13/0191; VwGH 15.7.1998, 95/13/0286). Die Abgabenbehörde hat jene Methode (bzw. jene Methoden kombiniert) zu verwenden, die im Einzelfall zur Erreichung des Zieles, nämlich der tatsächlichen Besteuerungsgrundlage möglichst nahe zu kommen, am geeignetsten erscheint (zB VwGH 25.6.1998, 97/15/0218).
Hinsichtlich der Betriebsausgaben oder bestimmter Gruppen davon (zB Reisekosten) kommt eine Teilschätzung in Betracht. Dies kann an Hand der Werte des Betriebes in anderen Zeiträumen (innerer Betriebsvergleich) geschehen (VwGH 26.6.1984, 83/14/0251; VwGH 5.5.1992, 92/14/0018).Die Abgabenbehörde ist nicht verpflichtet, Aufzeichnungen, die der Abgabepflichtige zu führen und vorzulegen hatte, zu rekonstruieren (VwGH 6.2.1992, 88/14/0080) muss jedoch offensichtlich angefallene Ausgaben für "Schwarzarbeit" (VwGH 15.5.1997, 95/15/0093) und "Schwarzeinkäufe" (VwGH 28.5.1997, 94/13/0200) bei einer Schätzung berücksichtigen.Der Abgabepflichtige ist auch bei der Schätzung zur Mitwirkung verpflichtet (VwGH 17.10.1991, 91/13/0090). Im Schätzungsverfahren ist das Recht auf Parteiengehör vor Bescheiderlassung durch Mitteilung der Basis und Art der Schätzungsmethode, Schlussfolgerungen und Ergebnisse zu wahren. Der Partei ist ausreichend Zeit zur Äußerung von Einwendungen zu gewähren. Es liegt am Abgabepflichtigen, sachlich begründete Argumente gegen die Schätzungsmethode oder einzelne Elemente der Schätzung vorzubringen (VwGH 7.6.1989, 88/13/0015). Die Abgabenbehörde muss sich mit allen konkreten für die Schätzung relevanten Behauptungen auch dann auseinander setzen und eventuell erforderliche ergänzende Erhebungen durchführen (VwGH 24.2.1998, 95/13/0083; VwGH 27.5.1998, 95/13/0282, 95/13/0283).Die Begründung (§ 93 Abs. 3 lit. a BAO) hat die für die Schätzungsbefugnis sprechenden Umstände, die Schätzungsmethode, die der Schätzung zu Grunde gelegten Sachverhaltsannahmen (Darstellung der Berechnung) darzulegen (zB VwGH 5.7.1999, 98/16/0148).