Für Markenrechtsangelegenheiten ist primär das Österreichische Patentamt in Wien als Bundesbehörde zuständig. Das Patentamt ist nicht nur für das Markenrecht, sondern auch für andere gewerbliche Schutzrechte wie Patente, Gebrauchsmuster, Design und Schutzzertifikate zuständig. Der Instanzenzug in Markenrechtsangelegenheiten geht seit 2014 an die ordentlichen Gerichte. Im Folgenden sollen die einzelnen Abteilungen des Patentamts und deren Zuständigkeit sowie der Instanzenzug in verschiedenen Angelegenheiten dargestellt werden.